Новые штаммы SARS-CoV-2: что это и как они влияют на пандемию

Новые штаммы SARS-CoV-2: что это и как они влияют на пандемию

Каждый вирус имеет свой собственный геном - уникальную специфическую последовательность ДНК или РНК. Коронавирус SARS-CoV-2 представляет собой самосборную наночастицу, внутри которой находится одноцепочечная РНК (рибонуклеиновая кислота).
Геном SARS-CoV-2 представляет собой длинную последовательность РНК, состоящую почти из 30 000 символов (нуклеотидов), которые работают в строгой последовательности. Этот порядок может измениться: если каждая новая копия вируса собрана в одном из этих соединений, может произойти ошибка — замена одного нуклеотида другим — и в результате код всей цепи немного изменится. В каждом новом" хозяине" геном вируса изменяется незначительно.Эти изменения могут быть очень незначительными, но они позволяют установить связь между инфицированными людьми или следовать по пути, который выбрал вирус. Под словом "племя" ученые подразумевают генетически иную ветвь вируса, которая отличается от своего "отца" одной или несколькими мутациями. Разница может составлять лишь долю процента от общего генома, но каждая новая последовательность РНК может вызвать новую ветвь вируса, то есть новый штамм.Скорость, с которой происходят генетические изменения, варьируется от вируса к вирусу, и SARS-CoV-2 мутирует относительно медленно. Большинство геномов этого вируса отличаются друг от друга небольшим количеством точечных заменителей, а число отличий от исходного варианта не превышает 30-почти 30 тысяч нуклеотидов.

Связанные вопросы и ответы:

Что такое штаммы SARS-CoV-2

Гамма-штамм (P.1) SARS-CoV-2 имеет аж 12 мутаций в спайковом белке, включая N501Y (как у «альфа» и «бета») и E484K (как у «бета»). Из нового в нем мутация белка-шипа K417T, позволяющая вирусу более прочно связываться с клетками человека, а в некоторых случаях - избегать антител. Гамма-штамм в 3 раза заразнее, чем обычный коронавирус, и способен преодолевать иммунитет у переболевших. К тому же, вирус сильнее поражает молодых людей и беременных женщин, чем обычный ковид.

Клиническая картина

Опыт других стран, где встречается мутация коронавируса P.1, позволяет предположить, что болезнь протекает не тяжелее, чем в случае инфицирования первоначальным вариантом SARS-CoV-2.

Распространенность

Гамма-штамм (P.1) был впервые выявлен 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (NIID) у четырех японцев, вернувшихся из штата Амазонас (Бразилия). Гамма-штамм вызвал в городе Манаус, столице штата Амазонас, «вторую волну» коронавируса, притом что более 70% горожан имели антитела после эпидемии в мае 2020 года.

Ситуация осложнилась тем, что президент Бразилии Жаир Болсонару - антипрививочник и ковид-диссидент. Болсонару называл коронавирус «мелким гриппом», игнорировал призывы ввести масочный режим и самоизоляцию. Ущерб жителям тропиков был столь сокрушительным, что на пике заболеваемости система здравоохранения рухнула, а на кладбищах не успевали рыть могилы. Изображения тысяч свежевырытых могил стали символом кризиса в Бразилии, занявшей 2 место в мире в списке стран по уровню смертности от COVID-19. По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC), в США, занявших 1 строчку антирейтинга, гамма-штамм коронавируса в настоящее время является превалирующим.

Сколько существует штаммов SARS-CoV-2

Это, собственно говоря, исходный вариант SARS-CoV-2, который распространился из Китая. Его особенность только в том, что до него человечество ни с чем подобным никогда не сталкивалось. Разве что были родственные ему вирусы: атипичная пневмония SARS и ближневосточная лихорадка MERS. Но по масштабам пресловутой контагиозности (проще говоря, заразности) они не идут ни в какое сравнение со своим младшим братом.

Микробиологи выяснили, что SARS-CoV-2 выбрал для себя максимально удачный способ проникновения в клетки человеческого организма: с помощью рецепторов ACE2, которые есть в теле человека практически везде. Во всяком случае, вся внутренняя поверхность кровеносных сосудов — сплошной ковёр АСЕ2. Этих же рецепторов в изобилии в дыхательной системе, они есть даже в головном мозге, что, прямо скажем, совсем нехорошо. Отсюда и всё многообразие проявлений болезни: от потери обоняния до тромбоза, от пневмонии до энцефалита. Через какое-то время после начала пандемии стало ясно, что с момента заражения до появления первых симптомов проходит 7–14 дней. В Роспотребнадзоре сообщали, что у 97,5% первые признаки CoViD-19 появлялись в течение одиннадцати с половиной дней.

Фото © Betsy Joles / Getty Images

По поводу заразности приводятся разные цифры, но красноречивее всего говорили цифры в статистике заболеваемости: многие до 2020-го вообще никогда не знали слова "пандемия", верно? Таким образом, вирус захватил планету, а планета в ответ на это могла предложить в целом две вещи: собственный иммунитет людей и (спустя год) иммунитет, искусственно выработанный при помощи вакцин. Всё это создало некую жёсткую атмосферу, к которой вирусу надо было приспособиться — или погибнуть. А поскольку эволюция всего живого на Земле — сплошное приспособление к текущим обстоятельствам, то нет ничего удивительного в том, что с SARS-CoV-2 начались хитрые видоизменения. Как появляются новые вирусные штаммы и от чего зависит их успех, Лайфу объяснил иммунолог Владислав Жемчугов.

Какие отличия есть между штаммами SARS-CoV-2

Международный комитет по таксономии вирусов 11 февраля 2020 г. присвоил официальное название возбудителю новой коронавирусной инфекции – SARS-CoV-2 . Всемирная организация здравоохранения 11 февраля 2020 г. дала официальное название новому инфекционному заболеванию – COVID-19 («Coronavirus disease 2019»)
.

SARS-CoV-2 объявлен высокопатогенным штаммом большого семейства коронавирусов (подсемейство Betacoronavirus). Его известные патогенные предшественники SARS-CoV и MERS-CoV – атипичная пневмония и ближневосточный респираторный синдром, соответственно которые также относятся к семейству коронавирусов
.

Геном этих вирусов, представленный одноцепочечной РНК, окружён мембраной, в состав которой входят S-белки. S-белки обуславливают относительно низкую устойчивость этих вирусов в открытом пространстве: белки быстро подвергаются денатурации при свободном доступе кислорода или других окислителей. Однако именно S-белки позволяют вирусам проникать внутрь живых клеток. В настоящее время известно 43 вида коронавирусов, и только 7 являются патогенными для человека. Структурные белки SARS-CoV-2 имеют более низкие значения эффективного числа кодонов по сравнению с SARS летучей мыши и другими патогенными штаммами, что подразумевает более высокую эффективность экспрессии генов структурных белков SARS-CoV-2
>.
Проникновение коронавируса внутрь живой клетки обеспечивают S-белки, которые связываются с трансмембранными рецепторами.

Как штаммы SARS-CoV-2 влияют на распространение инфекции

• На фоне продолжающейся циркуляции и эволюции SARS-CoV-2 наблюдается значительная генетическая и антигенная эволюция шиповидного белка.
• Моновалентные вакцины против COVID-19 на основе штамма XBB.1.5 на разных вакцинных платформах вызывают широкий перекрестный ответ нейтрализующих антител против циркулирующих вариантов SARS-CoV-2.
• Принимая во внимание текущую эволюцию SARS-CoV-2 и широту иммунного ответа, вызываемого моновалентными вакцинами на основе штамма XBB.1.5 в отношении циркулирующих в настоящее время вариантов вируса, ТКГСВ рекомендует оставить текущий антигенный состав вакцин против COVID-19 без изменений, т.е. продолжать использовать в качестве вакцинного антигена моновалентный антиген XBB.1.5.

Техническая консультативная группа ВОЗ по составу вакцин против COVID-19 (ТКГСВ) продолжает регулярно проводить совещания для оценки влияния эволюции SARS-CoV-2 на эффективность вакцин против COVID-19 с текущим антигенным составом и формулирования рекомендаций относительно необходимости внесения изменений в антигенный состав будущих вакцин против COVID-19. В мае 2023 г. ТКСКГВ рекомендовала использовать в качестве вакцинного антигена моновалентные антигены нисходящих линий варианта XBB, например XBB.1.5 . Ряд производителей (использующих такие вакцинные платформы, как мРНК, белок или вирусный вектор) обновили антигенный состав своих вакцин против COVID-19 до моновалентных на основе XBB.1.5, которые были одобрены к применению органами регулирования.

ТКГСВ 4-5 декабря 2023 г. провела очередное совещание для рассмотрения генетической и антигенной эволюции SARS-CoV-2, эффективности одобренных в настоящее время вакцин против циркулирующих вариантов SARS-CoV-2 и потенциального влияния эволюции вируса на дальнейший антигенный состав вакцин против COVID-19. Проводимый ТКГСВ дважды в год обзор научных данных вызван необходимостью постоянного мониторинга эволюции SARS-CoV-2 и кинетики поствакцинального иммунитета.

Как штаммы SARS-CoV-2 влияют на тяжесть заболевания

Всего известно около 40 видов коронавирусов (как патогенных, так и непатогенных для человека). Большинство патогенных форм коронавируса постоянно курсируют среди людей по всему миру и вызывают нетяжёлые ОРВИ — фарингит, трахеит, бронхит и др. Они возникают в зимне-весенний период из-за ослабления защитных сил организма и обострения хронической ЛОР-патологии.

Впервые коронавирусы были обнаружены в 1965 году учёными Д. Тиреллом и М. Бино у пациента с ОРВИ. До 2002 года считалось, что коронавирусы могут вызвать у людей только нетяжёлые респираторные инфекции. Однако с этого времени в мире накопился опыт изучения тяжёлых острых респираторных синдромов, причиной которых стали коронавирусы. Ими были спровоцированы такие заболевания, как:

• атипичная пневмония (вызвана штаммом SARS-CoV);
• ближневосточный респираторный синдром — ОРЗ, плавно переходящее в тяжёлую вирусную пневмонию с дыхательной и иногда почечной недостаточностью (вызван штаммом MERS-CoV);
• потенциально тяжёлое ОРЗ COVID-19 (вызвано штаммом SARS-CoV-2).

Коронавирус SARS-CoV-2 возник недавно : первые сообщения о болезни появились 8 декабря 2019 года. Предположительно данный штамм является рекомбинантом, т. е. вирусом, в котором генетический материал частично дополнен чужеродным геномом коронавируса летучей мыши и неизвестного коронавируса (возможно, змеи или панголина). Местом рождения вируса и появления заболевания является город Ухань, расположенный в провинция Хубэй Китайской Народной Республики. Первичный источник инфекции неизвестен. Предположительно заражение могло произойти на рынке морепродуктов и экзотической пищи (летучие мыши, змеи).

Как штаммы SARS-CoV-2 влияют на эффективность вакцин

К наиболее опасным для человека коронавирусам относятся:

• SARS-CoV (ТОРС) – тяжелый острый респираторный синдром, который впервые выявлен в 2002 г. в Китае. Природным резервуаром этого коронавируса являются летучие мыши (промежуточным хозяином могут быть мелкие млекопитающие, например, циветты). Случаи заболевания зарегистрированы в 29 странах (8437 случаев), летальность составляет 9,6%.
• MERS-CoV (коронавирус ближневосточного респираторного синдрома) – зоонозное заболевание, природным резервуаром для которого являются летучие мыши, а промежуточным хозяином – одногорбые верблюды. От человека к человеку передается при тесном контакте. Впервые выявлен в 2012 г. на Аравийском полуострове, зарегистрирован в 27 странах мира. Количество больных на 2019 г. составляет около 2500 случаев, летальность – 34,4%.
• SARS-CoV-2 (COVID-19), возбудителем которого стал новый штамм коронавируса. Природным резервуаром этого штамма в настоящее время считают летучих мышей, поскольку его РНК на 90% совпадает с коронавирусом, выявленным у летучих мышей. Промежуточный хозяин в настоящее время неизвестен. Генетическая последовательность нового коронавируса на 79% совпадает с генетической последовательностью вируса SARS-CoV. От человека к человеку передается воздушно-капельным путем, отличается длительным инкубационным периодом (1-14 дней), высокой контагиозностью (один больной может заразить от 2 до 4 человек) и возможностью бессимптомного носительства. Обнаруженный в конце декабря 2019 г. в китайской провинции Ухань COVID-19 быстро распространился по миру несмотря на карантинные меры, и уже 11 марта 2020 г. ВОЗ объявил, что новое заболевание приобрело характер пандемии. Количество больных по странам и смертность от коронавируса показывает статистика в реальном времени.

Как штаммы SARS-CoV-2 влияют на тесты на COVID-19

Главными иммунными защитниками являются В- и Т-лимфоциты . B-лимфоциты синтезируют иммуноглобулины (антитела) — особые белки, которые призваны ликвидировать чужеродные микроорганизмы и ослаблять опасность токсических веществ. Кроме того, B-лимфоциты способны сохранять информацию о перенесенных заболеваниях, создавая тем самым постоянный иммунитет. T-лимфоциты уничтожают зараженные клетки организма, блокируют дальнейшее распространение инфекции и стимулируют иммунный ответ, передают информацию другим иммунным клеткам. Для определения уровня лимфоцитов используют общий анализ крови.

В организме взрослого человека нормальное число лимфоцитов варьируется в пределах от 1000 до 4800 на 1 микролитр крови . При снижении уровня лимфоцитов в крови меньше нижней границы такое состояние называют лимфопенией . Низкий уровень лимфоцитов в крови приводит к сбою иммунитета.

Согласно статистике, лимфопения при короновирусе выявляется примерно у 83 % пациентов. При этом стойкое снижение лимфоцитов после коронавируса в крови отмечается даже через 4-11 недель после выздоровления. По мнению ученых, вирус SARS-CoV-2 имеет сильное влияние на лимфоциты и приводит к длительным потенциальным дисфункциям. Таким образом, ковид ослабляет иммунитет на длительный срок, и даже после полного выздоровления от COVID-19 организм человека будет более восприимчив к различного рода инфекциям. Но, как отмечают специалисты, вирус SARS-CoV-2 не способен размножаться в лимфоцитах, поэтому снижение иммунитета после ковида носит хоть и длительный, но обратимый характер.

Есть пациенты, у которых выявляется повышение уровня лимфоцитов в крови после коронавируса. Такое состояние называется лимфоцитозом . Незначительный лимфоцитоз, как правило, проходит самостоятельно, но требует обследования для установления точной причины его появления.

Также в клиническом анализе крови примерно у 30 % больных коронавирусной инфекцией выявляется снижение уровня лейкоцитов (ниже 4000 в 1 мкл).

Состояние, которое характеризуется снижением уровня лейкоцитов в крови называется лейкопенией . Основной функцией лейкоцитов является защита организма от инфекций и инородных тел, которые способны нанести ему вред и нарушить баланс биохимических реакций. Лейкоциты ответственны за иммунитет и сопротивление различным неблагоприятным для организма факторам. Поэтому лейкопения при коронавирусе также снижает функционирование иммунной системы человека. На основании этого можно говорить о значительном подавлении иммунитета при ковиде.

Так, ослабление иммунитета после ковида может привести к уязвимости человека перед другими инфекциями. Вирусам, бактериям, грибкам легче проникнуть через ослабленные защитные барьеры нашего организма. Самыми распространенными инфекционными заболеваниями при ослабленном иммунитете после ковида являются: пневмония, бронхит, кожные инфекции.

У людей с пониженным уровнем лимфоцитов при коронавирусе хуже заживают любые повреждения на коже, даже простые царапины. Они чаще страдают от попадания в них инфекции.

Важно! Информация из статьи не может быть использована для самодиагностики и самолечения! Назначить необходимые обследования, установить диагноз и составить план лечения может только врач на консультации!

Подавление иммунитета после ковида может сопровождаться такими симптомами и признаками:

• упадок сил и постоянное ощущение слабости;
• частые головные боли без явных причин;
• повышенная раздражительность и депрессивность;
• сонливость даже при достаточном количестве сна;
• ломкие волосы и ногти, тусклая кожа;
• частые гнойничковые поражения кожи;
• грибковые поражения кожи, ногтей и слизистых;
• рецидивы болезней мочевыделительной системы, дыхательных путей и носовых пазух;
• бледность кожных покровов.

Таким образом, при снижении иммунитета после коронавируса пациенту требуется обратиться к врачу для предотвращения осложнений, связанных с ослаблением иммунной системы организма. Выраженная лимфопения при коронавирусе также требует наблюдения у врача. Лейкопения при ковиде легкой степени не требует медикаментозного лечения, но меры профилактики инфекции при этом должны быть соблюдены.

Записаться на удобное время к врачу-терапевту в Euromed Clinic можно по телефону + 7 812 327 03 01 или онлайн .